Это единственный в Киеве деревянный храм, сохранившийся с досоветских времен.
Церковь в честь священномученика Макария, митрополита Киевского, Галицкого и всея Руси (1494 — 1497), и школу при ней было решено построить накануне 400-летия со дня мученической кончины святого. Этот проект реализовывался на пожертвования. Известно, что значительную сумму передал святой праведный Иоанн Кронштадтский. Инициатором устроения Макариевского храма был киевский священник Константин Терлецкий, настоятель церкви преподобного Феодора Освященного на Лукьяновке.
16 мая 1896 года был совершен крестный ход и состоялось освящение места под строительство храма. 1 мая 1897 года торжественно заложили кирпичный фундамент, на котором по проекту Евгения Ермакова была сооружена деревянная церковь с элементами псевдорусского стиля, увенчанная шатровой главой и колокольней.
Примечательно, что материалом для этого строительства послужили перенесенные деревянные части разобранной церкви во имя святителя Димитрия Ростовского, которая стояла на Байковом кладбище, была разобрана за ветхостью и на ее месте построен каменная храм в честь Вознесения Господня.
Новая Макариевская церковь была освящена 30 ноября 1897 года. В ней имелся придел святителя Димитрия Ростовского. 14 сентября 1914 года в храм перенесли копию чудотворной иконы Успения Богородицы из Успенского собора Киево-Печерской лавры.
В 1898 — 1999 годах было сооружено помещение для приходской школы и квартиры священника. В 1902 году при церкви было основано приходское братство, устроившее здесь дневной детский приют и библиотеку-читальню.
После разорения, постигшего храм в советское время, богослужение в нем возобновилось с февраля 1942 года, и больше он не закрывался.
Святынями Макариевской церкви являются: икона священномученика Макария с частицей мощей; ковчег с частицами мощей многих святых.
Как и сто лет назад, храм служит просветительским и образовательным центром. С 1989 года при нем начала работу одна из первых в Киеве воскресных школ, в которой учатся взрослые и дети всех возрастов. Издается православная литература и детский журнал «Вертоград». При церкви действует Всеукраинское Православное Педагогическое Общество.