Село Малое Ильинское в прошлом относилось к Угличскому уезду, в настоящем времени – к Переславскому району.
Каменная церковь св. Илии Пророка с колокольней и приделом появилась в селе в 1807 году.
B 1879 году Покровский храм был значительно перестроен: расширена трапезная, в ней устроены приделы Введенский и святителя Димитрия Ростовского. Именно тогда возникла высокая массивная колокольня, поражающая грандиозностью, сложным декором и необычностью своего облика.
В 1926 году на средства местных купцов Конуркиных в храме производилась реконструкция.
В советское время церковь Илии Пророка избежала разорения, она не закрывалась, в ней сохранился иконостас XIX века и росписи.
С 1950-х годов до начала 1990-х настоятелем Ильинского храма являлся протоиерей Иоанн Мантров. Благодаря его служению не прекращалась духовная жизнь в Ильинском и в окрестных селениях. Он восстанавливал храм после разрушительного смерча начала 1953 года, сорвавшего купола с колокольни и храма. Отец Иоанн похоронен при церкви. Надпись на его надгробии гласит: «Митрофорный протоиерей Иоанн Стефанович Мантров 07.10.1927 – 05.11.2001».
Сегодня церковь села Ильинского приписана к Николо-Сольбинскому женскому монастырю, расположенному неподалеку.